Ceira tem uma longa tradição histórica, é uma povoação muito antiga, já conhecida dos Romanos que, segundo alguns historiadores, lhe chamavam Celia/Seilia ou Celium. A povoação também aparece registada com a grafia Seira/Seyra. Tal como hoje, já no tempo dos Romanos, a povoação tinha o mesmo nome do rio.
Em Setembro de 1180 D. Afonso Henriques doou Ceira ao Chanceler Julião Pais que a coutou.
Na carta de doação descrevem-se as confrontações que são, pouco mais ou menos, as da actual freguesia. Esta carta de doação foi confirmada por D. Sancho I e D. Afonso II, filho e neto, respectivamente, daquele monarca. D. Julião Pais no século XIII aumentou o seu património na região, adquirindo terras no porto de Ceira.
Uma tradição local diz que, antes do assoreamento do rio, a freguesia constituia um importante porto fluvial mas, com o decorrer dos tempos, tudo quanto existia da primitiva povoação ribeirinha se submergiu, o que motivou a deslocação do aglomerado populacional para a encosta dos montes que lhe ficam fronteiros. Contudo, os Ceirenses, ainda hoje, por uma questão de transmissão de pais para filhos, recordam os sitios onde, nesses recuados tempos, se fixava o “cais”, a “igreja” e parte da “povoação”, tudo hoje ccberto pelas enchentes anuais do rio Ceira e que deram origem à formação do actual “campo de Ceira”-
Teve foral outorgado por D. Manuel I, concedido em Lisboa a 12 de Março de 1512 (Livro de Forais Novos da Beira, fls. 89 v., col. II, in princ.).
Em 1790 o pároco da freguesia, Francisco Xavier Freire da Silva, tentou organizar o tombo da Igreja, mas poucos elementos consegui coligir, por o antigo tombo e os documentos mais importantes se encontrarem muito deteriorados e parte deles ilegíveis. No entanto, no tombo por si organizado, conseguiu descrever, não só os limites da freguesia, mas também incluir a cópia da doação que D. Afonso Henriques fez da mesma ao Chanceler Julião e a relação dos lugares que compõem a freguesia.
Uma tradição local diz que, antes do assoreamento do rio Ceira, a freguesia constituía um importante porto fluvial com barcos chegados da Figueira da Foz, pelo Mondego, para descarga de mercadorias a um cais, de que ainda existem vestígios, junto às Barreiras do Campo. Estes barcos vinham carregados de peixe e sal, levando em troca lenha e carqueja.
Ceira chegou a ser concelho, até ao reinado de D. Maria II.
Em 1960 Ceira participou num cortejo integrado nas festas da cidade de Coimbra. Nesse cortejo desfilaram com um “carro” alegórico que chamou a atenção, pela sua originalidade, atraindo os olhares de todos os presentes. Transportada num tractor, lá ia a imagem viva do quotidiano de Ceira com as suas actividades principais e o rio em plena azafama: a nora tirava a água para a rega dos campos, as lavadeiras faziam a barrela e tratavam da roupa das freguesas, os trabalhadores agrícolas e tantos outros recriavam as suas profissões. Este quadro obteve extraordinário sucesso em representação da Casa do Povo de Ceira.
Em 4 de Junho de 1997, alguns lugares da freguesia de Ceira passam a constituir a Vila de Ceira.
No ano de 2010 foram legalizados os brasões da Freguesia de Ceira e da Vila de Ceira, tendo a sua publicação saído em Diário da República em 18/08/2010 e 22/10/2010, respectivamente.