A maioria da Flora da freguesia de Ceira é formada por arbustos, entre os quais figuram a urze, a esteva, a giesta, o feto, o alecrim e o espinheiro.
Das espécies resinosas há o pinheiro bravo e manso. Das árvores de folhagem caduca há essencialmente o choupo do Canadá, a tília e o plátano. Das árvores de folhagem permanente existe a acácia-mimosa, a acácia-austrália, o eucalipto glóbulos, o cipreste e o cedro do Bussaco.
Produzem-se em grande número árvores de fruto, especialmente laranjeiras, tangerineiras, limoeiros e toranjeiras. Estes citrinos são produzidos ainda de uma forma tradicional e também intensivamente, recorrendo a estufas. Os viveiristas ceirenses são hoje os maiores fornecedores do mercado português.
Nos campos junto das confluências do rio Ceira, com o rio Dueça e com o rio Mondego, podemos encontrar também viveiros de castanheiros, cerejeiras, macieiras, marmeleiros, nespereiras, nogueiras, oliveiras, pessegueiros , pereiras e outras arvores de fruto.
A Fauna existente na freguesia é muito variada. Além dos vulgares animais domésticos, suínos, ovinos, caprinos, galinhas, patos, coelhos, pombos, cães e gatos, aparecem também nos seus campos e montes, o melro, o tordo, a rola, a perdiz, o coelho bravo, o javali, a andorinha, o corvo, o ouriço-cacheiro, a toupeira e junto às margens dos rios e dos ribeiros o rato de água.
No que respeita à fauna fluvial tanto nos rios Mondego, Ceira e Dueça criam-se barbos, bogas e esqualos. Os peixes do rio Ceira são muito apreciados pelo seu sabor e dureza.
Em tempos também se encontrava lampreia no rio Ceira, mas devido ao açude que se construiu a jusante de Coimbra, este ciclóstomo deixou de aparecer.